5. How to collect and manage samples

I. 样本收集方法

样本要求:通过临床病理学诊断,确诊为目标癌症(如肝癌、结直肠癌等),除该癌症外无其他重大疾病。

1. 血浆

  • 样本体积:10ml 全血,可得到约5ml血浆

  • 抽血方式:标准外周静脉取血(K2EDTA抗凝真空管取血)

  • 血样处理:采血后应两小时内立即处理成血浆,于-80℃储存(处理方式见下文)。

  • 采血管选择:EDTA-K2 (Greiner 454024/454020/456023);候选:BD K2EDTA (BD PAS 367525/366643)

  • 处理方法:

1)血液样品应在收集后2小时内处理完毕,处理过程注意避免RNA酶污染

2)采用21gauge采血针,通过外周静脉穿刺收集10ml全血放置于 K2EDTA抗凝静脉真空采血管,轻轻颠倒8-10次

3)在4℃下1,900 x g离心10min

4)将上层清液转移到新管中,避免触及管底沉淀

5)在室温下将上清液再次离心,16,000 x g离心10min

6)将上清液转移至新管中,避免触及管底的沉淀

7)将处理后的得到的血浆分装为0.5ml/管,并储存于-80℃冰箱

2. 组织样本

  • 样本体积:0.5 x 0.5 x 0.5 cm3

  • 样本类型:配套的癌症组织、癌旁正常组织(>2cm)、PVTT/转移组织样本

  • 取样方法:手术中取新鲜组织,离体后30min内迅速置于液氮中,之后于-80℃或液氮中储存

3. PBMC

  • 样本体积:10ml 全血

  • 处理方法:

1)采用类ficool分离液方法分离PBMC细胞,本实验选择动物外周血PBMC细胞分离液试剂盒(TBD,货号WBC1077K)

2)取一只无菌硅化离心管,先加入5ml分离液

3)取上述血浆分离过程中的第一次离心剩余部分,小心驾驭分离液液面上,500-800 x g 离心20-30min

4)吸取所有环状乳白色细胞层,加入10ml 清洗液,混匀细胞。250 x g 离心10 min ,弃去离心后的上清液

5)重复上一步洗涤2-3次,即得PBMC细胞

6)按DMSO(或甘油):血清=1:9配置细胞冻存液,取1ml加入处理后得到的PBMC细胞,转移到冻存盒中并储存于-80℃冰箱;或直接将PBMC细胞溶解于RNA裂解液中,并储存于-20℃冰箱

II. 样本管理

1. 管理方法

每种癌症/正常人样本由相应的负责人进行管理,包括维护样本信息表、病例信息、样本整理、样本使用情况更新情况,组内成员需使用样本时,需提前向负责人申请并登记,由负责人从冰箱取出并更新记录。

2. 样本储存

  • -80度冰箱(生物技术馆 3305房间)

第一列:协和样本

第二列:北医肠癌、胃癌、肺癌样本

第三列:正常人、肝癌样本

3. 样本记录

腾讯文档

4. 注意事项

  • 每种癌症信息存储为一个文件

  • 每个合作单位来源的样本存储为单独的sheet

  • 需要记录样本取样时间、样本体积、收样人、存储位置等,并在每次使用后更新剩余样本体积

  • 每次操作需要记录样本使用体积、操作内容、RNA浓度、操作人、操作时间等